Prodi ini dibuka tahun 2012 dan menerima mahasiswa baru tahun ajaran 2012-2013 yang merupakan Program Studi ke-3 di Fakultas Syariah. Prodi ES kemudian tahun 2015 menjadi prodi pertama di Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Manado setelah FEBI beroperasi di tahun ajaran 2015-2016.

Di FEBI, Prodi ES diketuai oleh Sjamsuddin AK. Antuli, S.Ag., MA., masa jabatan 2015-2019; kemudian masih diketuai oleh Beliau di masa jabatan 2019-2023. Pada tahun 2024, dilanjutkan oleh  Fitria Ayu Niu, M.SA dan sekretaris Lilly Anggrayni, S.E., M.S.A.

Program Studi Ekonomi Syariah berpredikat Akreditasi B oleh BAN-PT dengan Nomor Akreditasi: 2173/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/IV/2020, yang akan berakhir pada 1 April 2025.

Telah menghasilkan alumni yang bekerja di berbagai instansi pemerintahan dan juga lembaga keuangan syariah seperti Bank Muamalat Cabang Manado dan lainnya.

Selain itu, Profil lulusan di Prodi Ekonomi Syariah meliputi;